Detección de variantes del SARS-CoV-2 en aguas residuales de hospitales en Perú, 2022

• Published in: Revista peruana de medicina experimental y salud pública Vol. 41; no. 2; pp. 140 - 145
• Main Authors: Marcos-Carbajal, Pool, Yareta-Yareta, José, Otiniano-Trujillo, Miguel, Galarza-Pérez, Marco, Espinoza-Culupu, Abraham, Ramirez-Melgar, Jorge L., Chambi-Quispe, Mario, Luque-Chipana, Néstor Alejandro, Gutiérrez Ajalcriña, Rosmery, Sucñer Cruz, Victor, López Chegne, Segundo Nicolas, Santillán Ruiz, Diana, Segura Chavez, Luis Felipe, Sias Garay, Cinthia Esther, Salazar Granara, Alberto, Tsukayama Cisneros, Pablo, Tapia Paniagua, Silvana Teresa, González-Domenech, Carmen María
• Format: Journal Article
• Language: Portuguese
• Published: Instituto Nacional de Salud 2024
• Subjects: Health Policy & Services; Secuenciación; Aguas residuales; Monitoreo epidemiológico basado en aguas residuales; Genómica, SARS-CoV-2; Wastewater; Sequencing; Genomics, SARS-CoV-2; Wastewater-Based Epidemiological Monitoring
• ISSN: 1726-4642
• DOI: 10.17843/rpmesp.2024.412.13484

RESUMEN Objetivo. Identificar la presencia del virus SARS-CoV-2 en aguas residuales de hospitales en Perú. Materiales y métodos. Se recolectaron muestras de agua en los efluentes de nueve hospitales del Perú durante marzo y septiembre de 2022 y se realizó la identificación de SARS-CoV-2 mediante secuenciación Illumina. Las asignaciones de variantes, linajes y clados se llevaron a cabo con las herramientas Illumina y Nextclado. Verificamos si las variantes de SARS-CoV-2 obtenida de las aguas residuales fueron similares a las reportadas por el Instituto Nacional de Salud del Perú procedentes de pacientes durante el mismo período y región. Resultados. Dieciocho de las 20 muestras de aguas residuales hospitalarias (90%) proporcionaron secuencias con la calidad suficiente para ser clasificadas como variante Ómicron según la clasificación de la OMS. Entre ellos, seis (30%) fueron asignados por Nextclade a los clados 21K linaje BA.1.1 (n=1), 21 L linaje BA.2 (n=2) y 22B linajes BA.5.1 (n=2) y BA.5.5 (n=1). Conclusiones. Se encontraron variantes del SARS-CoV-2 en muestras de aguas residuales hospitalarias y que fueron similares a las reportadas por el sistema de vigilancia en pacientes durante las mismas semanas y áreas geográficas. El monitoreo de aguas residuales podría proporcionar información sobre la variación ambiental y temporal de virus como el SARS-CoV-2.