Strategies to control inbreeding in a pig breeding program: a simulation study/Estrategias para controle de endogamia em um programa de melhoramento genetico de suinos: um estudo de simulacro

• Published in: Ciência rural Vol. 49; no. 7
• Main Authors: Lopes, Jader Silva, Rorato, Paulo Roberto Nogara, Mello, Fernanda Cristina Breda, de Freitas, Marcelo Silva, Prestes, Alan Miranda, Garcia, Diogo Anastacio, de Oliveira, Mauricio Morgado
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: Universidade Federal de Santa Maria 01-07-2019
• Subjects: Brasil
• ISSN: 0103-8478
• DOI: 10.1590/0103-8478cr20180994

The objective of this study was to evaluate, through data simulation, the impact of restrictions on the maximum number of full- and half-sibs selected for males and females on the level of inbreeding and genetic gain of the herd. Data came from real populations A and B, composed of Pietrain and Landrace breed pigs, respectively. To generate the simulated populations, a Fortran- language simulator was developed using the (co)variances of the breeding values and the productive and reproductive rates obtained from populations A and B. Two data files were created. The first contained the pedigree of the previous 10 years, with 21,906 and 251,343 animals in populations A and B, respectively. The second included breeding values for age to reach 110 Kg body weight, backfat thickness, and feed conversion, for both populations; longissimus dorsi muscle depth, for population A only; and number of live piglets at the 5th day of life per farrowing, for population B only. Three scenarios were simulated with ten generations by varying the restrictions on the number of full- and half-sibs selected for males and females, with 30 replicates per generation and scenario. Regardless of the mating strategy used in a closed production unit, there is an increase in inbreeding levels. Inbreeding increases are larger in populations of smaller effective size. Restrictions on the number of full- and half-sibs selected are effective in reducing increments in inbreeding. Restriction to a maximum of two full- sibs and three half-sibs for males and three full sisters for females provided the highest genetic gains. Key words: full-sibs, half-sibs, Landrace breed, Pietrain breed, selection strategies. O objetivo deste estudo foi avaliar, por meio de simulacao de dados, o impacto das restricoes no numero maximo de irmaos completos e meios-irmaos selecionados para machos e femeas no nivel de endogamia e ganho genetico do rebanho. Os dados originais sao provenientes das populacoes reais A e B, compostas por suinos da raca Pietrain e Landrace, respectivamente. Para gerar as populacoes simuladas, foi desenvolvido um simulador em linguagem Fortran utilizando as (co)variancias dos valores geneticos e as taxas produtivas e reprodutivas obtidas das populacoes A e B. Dois arquivos de dados foram criados. O primeiro continha o pedigree dos 10 anos anteriores, com 21.906 e 251.343 animais nas populacoes A e B, respectivamente. O segundo incluiu os valores geneticos para idade para atingir 110 Kg de peso vivo, espessura de toucinho e conversao alimentar, para ambas as populacoes; profundidade do musculo longissimus dorsi, apenas para a populacao A; e numero de leitoes vivos no 5[degrees] dia de vida por parto, apenas para a populacao B. Tres cenarios foram simulados com dez geracoes, variando as restricoes quanto ao numero de irmaos completos e meios-irmaos selecionados para machos e femeas, com 30 repeticoes por geracao e cenario. Independentemente da estrategia de acasalamento utilizada em um nucleo de producao fechada, ha aumento nos niveis de endogamia. Aumentos de endogamia sao maiores em populacoes de menor tamanho efetivo. Restricoes ao numero de irmaos completos e meios-irmaos selecionados sao eficazes na reducao de incrementos na endogamia. A restricao de no maximo dois irmaos completos, tres meios-irmaos para machos e tres irmas completas para femeas fornece os maiores ganhos geneticos. Palavras-chave: estrategias de selecao, irmaos completos, meios-irmaos, raca Landrace, raca Pietrain.