O uso da variância como metodologia alternativa para integração de mapas genéticos

• Published in: Pesquisa agropecuaria brasileira Vol. 46; no. 1; pp. 66 - 73
• Main Authors: Salgado, Caio Césio, Cruz, Cosme Damião, Nascimento, Moysés, Barrera, Carlos Felipe Sanches
• Format: Journal Article
• Language: English; Portuguese
• Published: Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento; Pesquisa Agropecuária Brasileira 01-01-2011; Embrapa Informação Tecnológica
• Subjects: AGRICULTURE, DAIRY & ANIMAL SCIENCE; AGRICULTURE, MULTIDISCIPLINARY; frequência de recombinação; grupos de ligação; marcador molecular; tensão interna; frequência de recombinação; molecular marker; tensão interna; internal tension; marcador molecular; grupos de ligação; linkage groups; recombination frequency
• ISSN: 1678-3921
• DOI: 10.1590/S0100-204X2011000100009

O objetivo deste trabalho foi desenvolver um processo de integração de mapas genéticos, com o uso do inverso da variância, e testar sua eficiência. Foram utilizadas populações simuladas F2 codominante e de retrocruzamento, com tamanhos populacionais de 100, 150, 200 e 400 indivíduos, tendo-se considerado uma espécie diploide fictícia com 2n = 2x = 2 cromossomos, com o comprimento total do genoma por grupo de ligação estipulado em 100 cM, 21 marcas por grupo de ligação e marcadores equidistantes em 5 cM. Os genomas foram comparados quanto ao tamanho do grupo de ligação, variância das distâncias entre marcas adjacentes, correlação de Spearman e quanto ao estresse relativo à adequação das distâncias estimadas. Cada genoma simulado foi fragmentado em quatro novos mapas: três com oito marcadores e um com nove marcadores, cada qual com quatro marcadores âncoras. Os mapas foram alinhados, ordenados, integrados e, em seguida, comparados ao mapa de origem. O processo de integração de mapas proposto mostrou-se eficiente. Os mapas gerados tiveram pequena tensão interna em comparação aos mapas dos quais se originaram. A integração de mapas depende do tipo de população utilizada, tamanho da população, tipo de marcador, da frequência de recombinação e da fase de ligação.