Comparison of nine DNA extraction methods for the diagnosis of bovine tuberculosis by real time PCR

• Published in: Ciência rural Vol. 46; no. 7; pp. 1223 - 1228
• Main Authors: Moura, André, Hodon, Mikael Arrais, Soares Filho, Paulo Martins, Issa, Marina de Azevedo, Oliveira, Ana Paula Ferreira de, Fonseca Júnior, Antônio Augusto
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: Santa Maria Universidade Federal de Santa Maria Centro de Ciencias Rurais 01-07-2016; Universidade Federal de Santa Maria
• Subjects: AGRONOMY; Blood; Cattle industry; Deoxyribonucleic acid; Developing countries; Diagnosis; DNA; extração de DNA; Industrial development; Infectious diseases; LDCs; Lymphatic system; Methods; Mycobacterium bovis; PCR em tempo; Polymerase chain reaction; Real time; Sensitivity analysis; Tissues; tuberculose bovina; Tuberculosis; United States > US; Germany; real time PCR; PCR em tempo; bovine tuberculosis; DNA extraction; tuberculose bovina; extração de DNA
• ISSN: 0103-8478; 1678-4596; 0103-8478; 1678-4596
• DOI: 10.1590/0103-8478cr20151489

Bovine tuberculosis is an infectious disease with a high impact on the cattle industry, particularly in developing countries. PCR is a very sensitive method for detection of infectious agents, but the sensitivity of molecular diagnosis is largely dependent on the efficiency of the DNA extraction methods. The objective of this study was to evaluate DNA extraction methods for direct detection of Mycobacterium bovis in bovine tissue. Nine commercial kits for DNA extraction were evaluated when combined with two real time PCRs. The DNeasy Blood & Tissue Kit from QIAGEN showed better performance and sensitivity followed by the DNA Mini Kit RBC and FTA Elute Micro Card. Results suggested that, even when the analytical sensitivity of the qPCR is very high, the extraction method can influence the diagnostic sensitivity.
RESUMO: A tuberculose bovina é uma doença infecciosa com um alto impacto na pecuária, particularmente em países em desenvolvimento. A PCR é um método muito sensível para a detecção de agentes infecciosos, mas a sensibilidade do diagnóstico molecular é em grande parte dependente da eficiência dos métodos de extração de DNA. O objetivo deste estudo foi avaliar métodos de extração de DNA para detecção direta de Mycobacterium bovisem tecido bovino. Nove kits comerciais para extração de DNA foram avaliados, quando combinados com duas PCRs em tempo real. O Kit Dneasy Blood & Tissue da Qiagen apresentou melhor desempenho e sensibilidade, seguido dos kits DNA Mini RBC e FTA Elute Micro Card (protocolo modificado com digestão enzimática prévia). Os resultados sugerem que, mesmo quando a sensibilidade analítica do qPCR é muito elevada, o método de extração pode influenciar na sensibilidade de diagnóstico.