Epidemiological and molecular study of rotavirus infection among human and animal in karbala and basrah provinces

• Published in: Iraqi journal of veterinary sciences Vol. 35; no. 2; pp. 403 - 410
• Main Authors: al-Dami, Fatin Abd al-Kazim, Thuwayni, Hazim Talib, Abu al-Maali, Hasan Musa
• Format: Journal Article
• Language: Arabic; English
• Published: الموصل، العراق جامعة الموصل، كلية الطب البيطري 01-12-2021; University of Mosul, College of Veterinary Medicine
• Subjects: calves; ict; reverse transcription; الحيوانات; الروتا; النوع البشري; جهاز المناعة
• ISSN: 1607-3894; 2071-1255; 2071-1255
• DOI: 10.33899/ijvs.2020.126997.1428

This study was aimed to determine the prevalence of rotaviruses in Karbala and Basrah provinces, the genetic reassortment of human and animal rotavirus strains and the novel strains. Rotaviruses were detected by Immunochromatography Test (ICT) then the positive samples were tested by reverse transcription PCR (RT-PCR) using specific primers to VP7 gene, this gene is responsible for VP7 antigen which is responsible for stimulation the immune system to produce neutralizing antibodies. The VP7 gene was implemented in rotavirus vaccine of Iraqi immunization program. The RT PCR results showed that 56.3% (27/48) of samples positive in children under five years of age in Karbala province while Basrah province revealed 58.5% (31/53) positive samples in children whereas samples taken from calves revealed 43.1% (22/51) and 45.5% (25/55) positive samples in Karbala and Basrah provinces respectively. The sequencing of human and animal samples revealed that there was genetic reassortment between human and animal strains while in comparing with international strains there was closely related with Indian and Pakistani human strains. Necessarily for further bioinformatics studies are needed to study the genetic alterations with viral proteins analysis of rotavirus.
هدفت هذه الدراسة إلى تحديد مدى انتشار الفيروس العجلي في محافظتي كربلاء و البصرة و إعادة التصنيف الجيني لسلالات الفيروس العجلي البشري و الحيواني و السلالات الجديدة. تم الكشف عن الفيروسات العجلية عن طريق اختبار الترحيل المناعي ثم تم اختبار العينات الإيجابية عن طريق النسخ العكسي لتفاعل البلمرة المتسلسل باستخدام بادئات محددة لجين VP7، وهذا الجين مسؤول عن مستضد VP7 المسؤول عن تحفيز الجهاز المناعي لإنتاج الأجسام المضادة المعادلة. تم تضمين الجين VP7 في لقاح الفيروس العجلي لبرنامج التحصين العراقي. أظهرت نتائج اختبار النسخ العكسي لتفاعل البلمرة المتسلسل أن 56.3٪ (27/48) من العينات الإيجابية لدى الأطفال دون سن الخامسة في محافظة كربلاء، بينما كشفت محافظة البصرة عن 58.5٪ (31/53) عينة موجبة عند الأطفال، بينما أظهرت العينات المأخوذة من العجول 43.1٪ (22 / 51) و45.5٪ (25/55) عينات إيجابية في محافظتي كربلاء والبصرة على التوالي. كشف تسلسل العينات البشرية و الحيوانية عن وجود تصنيف جيني بين السلالات البشرية و الحيوانية، بينما بالمقارنة مع السلالات الدولية كان هناك ارتباط وثيق بالسلالات البشرية الهندية والباكستانية. هناك حاجة لمزيد من الدراسات المعلوماتية الحيوية لدراسة التغيرات الجينية مع تحليل البروتينات الفيروسية للفيروس العجلي.