Genetic diversity and population structure in remnant subpopulations of Nordestino horse breed

• Published in: Archivos de zootecnia Vol. 63; no. 242; pp. 349 - 358
• Main Authors: Pires, D.A.F., Coelho, E.G.A., Melo, J.B., Oliveira, D.A.A., Ribeiro, M.N., Gus Cothran, E., Juras, R., Khanshour, A.
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: 01-06-2014
• Subjects: Allelic diversity; Bottleneck effect; Diversidade alélica; Efeito de gargalo genético; Estrutura genética; Genetic structure; Microsatellite; Microssatélite
• ISSN: 0004-0592
• DOI: 10.4321/S0004-05922014000200013

This study analyzed four remnant subpopu-
lations of Nordestino horse breed to detect genetic
structure and diversity through 14 microsatellite
markers. Hair root follicles from a total of 393
horses were collected. There were 61 animals
from Salitre Valley (JUAZ-BA) located at Bahia
state, 89 from North and Central North ecoregions
located at Piauí state (NCEN-PI), 185 animals from
Sertão and Sertão do São Francisco ecoregions
(SERT-PE) and 58 animals from Agrestina city
(AGRE-PE) located at Pernambuco state. Genetic
diversity, genetic differentiation and bottleneck
effects were examined in the 4 remnant subpo-
pulations of Nordestino horse breed. There was
high allelic diversity and the F is value did not show
evidence of a significant predominance of mating
among relatives, probably because of crossbree-
ding among populations. Recent bottleneck effects
were not detected in the 4 subpopulations, but the
IAM and TPM model did suggest a bottleneck
effect. This may be a reflection of the decreased
number of breeding animals caused by castration
of males, mechanization processes and changes
in life style in the rural areas. The bottleneck event
was not enough to lead a genetic differentiation
among the 4 remnant subpopulations of Nordestino
horse. There was no evidence of genetic diffe-
rentiation, so the 4 subpopulations formed one
genetic group.
O presente trabalho teve como objetivo avaliar
a estrutura e diversidade genética de quatro
subpopulações do cavalo Nordestino utilizando
14 marcadores microssatélites. Amostras de bul-
bo capilar de 393 cavalos foram coletadas,
distribuídos em: 61 animais do vale do Salitre
(JUAZ-BA) localizado no estado da Bahia, 89 das
mesorregiões Norte e Centro-Norte do estado do
Piauí, 58 animais da cidade de Agrestina (AGRE-
PE) e 185 das mesorregiões Sertão e Sertão do
São Francisco localizado no estado de Pernambuco
(SERT-PE). A diversidade genética, diferenciação
genética e efeito de gargalo genético foram
avaliados nas 4 subpopulações do cavalo
Nordestino. Observou-se elevada diversidade
genética e valores de F is que não evidenciaram
níveis de consanguinidade significativa, prova-
velmente isso se deve à acasalamentos entre as
subpopulações. Efeito de gargalo genético recente
não foi detectado para as quatro subpopulações,
porém os modelos IAM e TPM sugeriram um efeito
de gargalo genético não recente. Isso pode ser
reflexo da redução no número de reprodutores
decorrente da castração de machos, processo de
mecanização e mudanças no estilo de vida das
populações da zona rural. Eventos mais antigos
do efeito de gargalo genético não foram suficien-
tes para evidenciar uma diferenciação genética
entre as 4 subpopulações, portanto elas formam
um só grupo genético.