皱边喉毛花及其近缘种叶绿体基因组结构与进化分析

• Published in: 西北植物学报 Vol. 43; no. 10; pp. 1629 - 1639
• Main Authors: 韩霜, 余静雅, 李孝平, 牛玉, 张发起
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 中国科学院大学生命科学学院,北京 100039%中国科学院西北高原生物研究所高原生物适应与进化重点实验室,西宁 810001 2023; 中国科学院西北高原生物研究所高原生物适应与进化重点实验室,西宁 810001
• Subjects: Comastoma; 系统发育; codon preference; purifying selection; 叶绿体基因组; 纯化选择; 喉毛花属; 密码子偏好性; phylogeny; chloroplast genome
• ISSN: 1000-4025
• DOI: 10.7606/j.issn.1000-4025.2023.10.1629

Q943; 喉毛花属植物是藏茵陈入药基原植物之一,其属下物种关系一直存在争议.为建立稳定的喉毛花属下系统发育关系,本研究为重建喉毛花属下系统发育关系,通过对皱边喉毛花及其4个近缘种进行Illumina二代测序,共获得12个叶绿体基因组,并分析其结构特征与系统发育关系,为喉毛花属下物种分化研究提供可靠的分子依据.结果表明,(1)皱边喉毛花及其近缘种的叶绿体基因组均在150 kb左右,基因总数均为131个,其中编码基因81个,1R区核苷酸多态性较低,编码区比非编码区更保守;(2)除ndhB基因外,其余编码基因均受到纯化选择的作用,皱边喉毛花及其近缘种的密码子偏好性较弱;(3)基于蛋白编码序列(CDS)、第一、二位密码子位置(CDS1+2)、第三位密码子位置(CDS3)以及筛选出的高度变异基因间隔区(ndhC_trnV-UAC、psbC_trnS-UGA和psbK_psbI)序列等不同数据集构建的系统发育关系高度一致,皱边喉毛花、镰萼喉毛花及长梗喉毛花相互嵌套.总之,皱边喉毛花及其近缘种的叶绿体基因组相似度极高,物种之间存在相互嵌套的系统发育关系.研究可加深对喉毛花属系统发育关系的理解,为喉毛花属下物种分化研究提供可靠的分子依据.