Genotipska i Intragenotipska Varijabilnost Humanih Papiloma Virusa u Tkivima Karcinoma Grlića Materice

• Main Author: Stamenković, Miodrag I
• Format: Dissertation
• Language: Serbian
• Published: ProQuest Dissertations & Theses 01-01-2016
• Subjects: Cervical cancer; Genes; Genetics; Genotype & phenotype; Human papillomavirus; Oncology; Phylogenetics; Systematic biology; Virology; Viruses
• ISBN: 9798383114421

UVOD:Značaj infekcije humanim papiloma virusima (HPV) u razvoju različitih karcinoma kod čoveka, a naročito karcinoma grlića materice dobro je dokumentovan. Karcinom grlića materice jedan je od najznačajnijih uzroka smrtnosti žena u svetu. Genotipovi HPV udruženi sa karcinomom grlića materice označavaju se kao visoko onkogeni, a među njima su najučestaliji HPV 16 i HPV 18. U novije vreme, sve je više dokaza da pojedine linije i podlinije u okviru više genotipova HPV igraju značajnu ulogu u razvoju ovog karcinoma.CILJEVI:U ovom istraživanju identifikuju se genotipovi HPV, određuje njihova učestalost u tkivima karcinoma grlića materice, kao i povezanost sa patohistološkim tipom i stadijumom karcinoma grlića materice. Takođe, ciljevi ovog istraživanja odnose se na utvrđivanje i analizu genotipske i intragenotipske varijabilnosti dobijenih HPV izolata analizom E1, L1, E6/E7 (HPV 16) gena, uz poređenje dobijene učestalosti i distribucije HPV genotipova sa učestalošću i distribucijom u drugim zemljama.MATERIJAL I METODOLOGIJA:Studija je uključivala uzorke tkiva karcinoma grlića materice, fiksiranih u formalinu i ukalupljenih u parafin, uzeti od 101 pacijentkinje starosti od 24 do 78 godina. Nakon deparafinizacije i ekstrakcije virusne DNK, primenjivan je PCR metod uz korišćenje odgovarajućih prajmera za dokazivanje L1, E1 i HPV 16 E6/7 gena. Uzorci kod kojih je detektovana HPV DNK odgovarajućih gena, sekvencirani su metodom završetka lanca. Detekcija prisustva HPV DNK i genotipizacija izvedena je i metodom protočne (engl."Flow through") hibridizacije. Identifikovane sekvence, analizirane su potom filogenetskim metodama. Obrađene sekvence upotrebljavane su za utvrđivanje i poređenje genotipske i intragenotipske varijabilnosti HPV.REZULTATI:Od ukupno 101 uzorka tkiva karcinoma grlića materice, devedeset jedan uzorak pripadao je patohistološkom tipu planocelularnog karcinoma (90,09%) eset jedanuzorak pripadao je patohistološkom tipu planocelularnog karcinoma (90,09%). PrisustvoHPV E1 gena detektovano je kod 57 (56,43%) od 101, dok je HPV L1 gen dektovan kod 35(34,65%) od ukupno 101 ispitanih uzoraka tkiva, a oba gena su detektovana kod 23 uzorka.Ukupno, HPV DNK detektovana je kod 69 od 101 uzorka tkiva karcinoma grlića materice.Metodom DNK sekvenciranja identifikovano je 44 sekvence HPV E1 gena odnosno 9sekvenci L1 gena. Ukupno, identifikacijom sekvenci za oba gena HPV DNK utvrđeno jeprisustvo 6 genotipova sa visokim onkogenim potencijalom: 16, 33, 58, 45, 18 i 53, kodukupno 47 uzoraka tkiva karcinoma. Najveću učestalost identifikacije imao je genotip HPV16, otkriven kod 80,85% uzoraka, a zatim genotip HPV 33 (8,51%) i HPV 58 (6,38%)Tehnikom protočne hibridizacije je kod 7 uzoraka, od ispitanih 20, potvrđeno prisustvoHPV DNK. Utvrđeno je prisustvo četiri genotipa (HPV 16, 18, 59 i 71). Primenom obetehnike HPV genotipizacije, ukupno, je dokazano prisustvo osam genotipova HPV: 16, 18,33, 45, 53, 58, 59 i 71. Prisustvo mešovite infekcije potvrđeno je kod 5 uzoraka (4, 95%).Većina identifikovanih genotipova utvrđena je kod pacijentkinja starijih od 40 godina Ipripadala je stadijumu I po FIGO klasifikaciji. Genotip HPV16 identifikovan je u 80,43%planocelularnih i to podtipu nekaratinizirajućih karcinoma i 66,7%, adenokarcinoma. Nijepokazano postojanje statističke značajnosti između prisutnih HPV genotipova i godinastarosti pacijentkinja, stadijuma bolesti i patohistološkog tipa odnosno podtipa karcinoma.Filogenetska analiza sekvenci HPV E1 i L1 izolata, potvrdila je pripadnost HPV izolata iznaše populacije određenim genotipovima i to rodu Alphapapillomavirus odnosnofilogenetskim grupama 9, 7 i 6. Najzastupljeniji su bili genotipovi iz grupe 9. Analizagenotipske varijabilnosti identifikovanih HPV E1 I L1 izolata pokazala je nukleotidnuudaljenost između sekvenci istog genotipa od 0-1%, što ukazuje na varijabilnost nivouvarijante unutar istog genotipa. 13.