Diverzitet, Biološka i Molekularna Karakterizacija Virusa Tikava i Epidemologija Oboljenja u Srbiji

• Main Author: Vučurović, Ana B
• Format: Dissertation
• Language: Serbian
• Published: ProQuest Dissertations & Theses 01-01-2012
• Subjects: East European Studies; Epidemics; Epidemiology; Genes; Genetics; Infections; Insects; Phylogenetics; Serology; Slavic Studies; Systematic biology; Viral infections; Virology; Viruses
• ISBN: 9798383127698

U periodu od 2007. do 2011. godine na 61 lokalitetu gajenja tikava u Srbiji utvrđeno je stalno prisustvo virusa sa visokim intenzitetom zaraze. Učestalost virusne zaraze se po godinama mijenjala i kretala od 30-50% u 2007. godini, preko izuzetno visokih 80% u epidemijskoj 2008. godini, da bi tokom naredne dvije godine bila konstantna i kretala se oko 40%. U posljednjoj godini ispitivanja zaraza je ponovo dostigla čak 60%. Serološkim testiranjem 1100 uzoraka sakupljenih sa 19 vrsta, sorti i varijeteta tikava detektovano je prisustvo tri virusa: virusa žutog mozaika cukinija (Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV), virusa mozaika lubenice (Watermelon mosaic virus, WMV) i virusa mozaika krastavca (Cucumber mosaic virus, CMV). Dodatnim testiranjem simptomatičnih uzoraka detektovano je prisustvo virusa žutila tikava perzistentno prenosivog vašima (Cucurbit aphid-borne yellows virus, CABYV), što predstavlja prvi nalaz ovog virusa u Srbiji i virusa bronzavosti paradajza (Tomato spotted wilt virus, TSWV), što je prvi nalaz ovog virusa na tikvama u Srbiji, ali i prvi nalaz u prirodnoj infekciji na Cucurbita maxima u svijetu. Najzastupljeniji virus tokom pet godina ispitivanja bio je ZYMV. Tokom prve dvije godine najčešće su bile detektovane miješane infekcije, a u poslednje tri godine pojedinačne. U okviru ovih istraživanja dokazano je prenošenje ZYMV sjemenom Cucurbita pepo var. styriaca, C. maxima i C. moschata. Utvrđena je zaraženost jednogodišnjih i višegodišnjih korovskih biljaka, koje su prisutne u vrijeme zasnivanja usjeva tikava i u početnim fazama vegetacije, sa ZYMV, WMV, CMV i TSWV. Najzastupljeniji je bio TSWV, a njegovo prisustvo je dokazano u osam različitih korovskih vrsta, sljedeći po zastupljenosti je bio CMV, dokazan u sedam vrsta korova, dok su ZYMV i WMV bili slični po zastupljenosti, a dokazani su u pet, odnosno četiri korovske vrste. Pokazan je visok diverzitet biljnih vaši koje posjećuju usjeve tikava kroz determinaciju 57 taksona. Najzastupljenije vrste vaši bile su Aphis fabae, Anoecia corni, Aphis gossypii, Myzus persicae i Acyrthosiphon pisum. Najveći diverzitet i najveća brojnost vrsta vaši bila je u prvim nedjeljama po nicanju biljaka.Detekcija i identifikacija do nivoa vrste svih prouzrokovača virusnih oboljenja na tikvama u Srbiji potvrđena je primjenom RT-PCR metode i odgovarajućih specifičnih prajmera i sekvencioniranjem. Fenotipska varijabilnost i krug domaćina za ZYMV, WMV i CMV ispitivani su primjenom biotesta na ukupno 45 test biljaka.U toku ovih istraživanja su uspostavljeni ili unaprijeđeni protokoli za molekularnu detekciju svih pet virusa koji se javljaju na tikvama u Srbiji. Obavljena je molekularna karakterizacija ZYMV, WMV, CMV, TSWV i CABYV analizom sekvenici i filogenetskim analizama. Analize sekvenci CP gena izolata ZYMV porijeklom iz Srbije su pokazale da oni pripadaju Centralno-evropskoj grupi izolata. Analize sekvenci WMV izolata, na osnovu NIb i CP gena pokazale su da se izolati WMV iz Srbije grupišu u dvije grupe, od čega jedna predstavlja grupu „emerging“ izolata koji prouzrokuju izražene simptome i velike štete, što predstavlja prvi nalaz ovih izolata u Srbiji. Na osnovu CP gena, izolati CMV iz tikava iz Srbije svrstali su se u okviru podgrupe IA, a izolati TSWV na osnovu N gena u okviru podgrupe 1 Evropske grupe, zajedno sa drugim izolatima ovog virusa iz Srbije.