一株分离自地层水的石油降解菌的特性研宄：Ochrobactrum intermedium环境分离菌株与临床分离菌株的比较基因组分析

一株分离自地层水的石油降解菌的特性研宄：Ochrobactrum intermedium环境分离菌株与临床分离菌株的比较基因组分析

目的：对一株地层水分离的石油降解菌Ochrobactrumintermedium2745．2进行生理生化特性的研究、全基因组测序以及比较基因组研究。创新点：首次对一株分离自地层水的石油降解菌Dinter-medium2745．2进行了生理生化特性研究以及基因组测序，从基因组角度解释菌株2745—2对石油的降解能力。通过菌株2745．2与同种其他临床分离菌株的比较基因组学分析，表明2745．2仍具有多种与致病性相关的基因。方法：通过微生物富集培养的方法从油井的地层水中分离石油降解微生物，通过聚合酶链反应（PCR）扩增165核糖体RNA（rRNA）序列进行比较和分析确定菌株的分类地位属于Dinte...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in:浙江大学学报：B卷英文版 Vol. 16; no. 10; pp. 865 - 874
Main Author: Lu-jtm CHAI Xia-wei JIANG Fan ZHANG Bei-wen ZHENG Fu-chang SHU Zheng-liang WANG Qing-feng CUI Han-ping DONG Zhong-zhi ZHANG Du-jie HOU Yue-hui SHE
Format: Journal Article
Language:English
Published: 2015
Subjects:
intermedium
Ochrobactrum
比较基因组
病原菌
石油降解
Online Access:Get full text
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
Description
Summary:目的：对一株地层水分离的石油降解菌Ochrobactrumintermedium2745．2进行生理生化特性的研究、全基因组测序以及比较基因组研究。创新点：首次对一株分离自地层水的石油降解菌Dinter-medium2745．2进行了生理生化特性研究以及基因组测序，从基因组角度解释菌株2745—2对石油的降解能力。通过菌株2745．2与同种其他临床分离菌株的比较基因组学分析，表明2745．2仍具有多种与致病性相关的基因。方法：通过微生物富集培养的方法从油井的地层水中分离石油降解微生物，通过聚合酶链反应（PCR）扩增165核糖体RNA（rRNA）序列进行比较和分析确定菌株的分类地位属于Dintermedium（图1）。采用IlluminaHiSeq2000对菌株2745．2进行高通量测序，采用Velvet 1．2．07和RAST servet分别进行数据组装和注释（表1）。PHAST寻找基因组中的噬菌体相关序列（图4和表2）。通过BLAST＋和BRIG对环境分离菌株（2745．2）和临床分离菌株（M86、229E和LMG3301）进行基因组比较（表3、表4和图5）。结论：首次对一株环境分离的0．intermedium（2745—2）进行全基因组测序，揭示具有多种与石油降解相关的基因。通过环境分离菌株（2745．2）与临床分离菌株（M86，229E和LMG3301）的基因组比较分析，表明2745-2仍具有多种致病性相关的基因。
Bibliography:In this study, we isolated an environmental clone of Ochrobactrum intermedium, strain 2745-2, from the formation water of Changqing oilfield in Shanxi, China, which can degrade crude oil. Strain 2745-2 is aerobic and rod-shaped with optimum growth at 42 ℃ and pH 5.5. We sequenced the genome and found a single chromosome of 4800175 bp, with a G＋C content of 57.63%. Sixty RNAs and 4737 protein-coding genes were identified： many of the genes are responsible for the degradation, emulsification, and metabolizing of crude oil. A comparative genomic analysis with related clinical strains （M86, 229E, and LMG3301T） showed that genes involved in virulence, disease, defense, phages, prophages, transposable elements, plasmids, and antibiotic resistance are also present in strain 2745-2.
Comparative genome, Ochrobactrum intermedium, Oil degradation, Pathogen
33-1356/Q
ISSN:1673-1581
1862-1783