CARACTERIZAÇÃO GENÔMICA DE UM ISOLADO CLÍNICO DE KLEBSIELLA PNEUMONIAE ST855 (CC258) PRODUTOR DE KPC-2 E RESISTENTE A POLIMIXINA, RECUPERADO DE UM PACIENTE DE UTI

• Published in: The Brazilian journal of infectious diseases Vol. 27; p. 103340
• Main Authors: de Souza, Paula Mariana Salgueiro, Pereira, Rodrigo Tenório Gomes, Bertuccelli, Bruno Luigi, da Silva, Jonas de Melo Silvestre, de Melo, Beatriz Souza Toscano, da Silva, Ingrid Aparecida Pereira, Ribeiro, Ana Caroline Oliveira Alves, de Morais, Márcia Maria Camargo, Almeida, Anna Carolina Soares
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: Elsevier España, S.L.U 01-10-2023; Elsevier
• Subjects: Bioinformática; Genética bacteriana; Resistência bacteriana a antibióticos; Genética bacteriana; Resistência bacteriana a antibióticos; Bioinformática
• ISSN: 1413-8670
• DOI: 10.1016/j.bjid.2023.103340

O aumento da incidência de bactérias resistentes a antibióticos no ambiente hospitalar é um problema de saúde global. A caracterização a nível genômico dos determinantes de resistência a antibióticos e dos elementos associados à sua disseminação, desempenham um papel crítico na compreensão e, potencialmente, no controle de patógenos multirresistentes. Esse estudo buscou caracterizar o genoma de um isolado clínico de K. pneumoniae pan-resistente.
O isolado foi recuperado de uma amostra de urina de um paciente do sexo masculino de 65 anos, internado na UTI de um hospital terciário em Recife/PE. O DNA genômico da amostra foi extraído a partir do kit PureLink™ Genomic DNA Mini Kit (Invitrogen) e sequenciado na plataforma NextSeq550 (Illumina®). As leituras foram montadas usando o script VelvetOptimiser3. Para caracterização do genoma, as sequências foram anotadas no servidor RAST server (Rapid Annotations using Subsystems Technology). Replicons de plasmídeo foram identificados usando PlasmidFinder 2.0141,147 e os Tipos de Sequência Multilocus (MLSTs) foram identificados no banco de dados Public Databases for Molecular Typing and Microbial Genome Diversity (PubMLST). A investigação de mutações nos genes dos sistemas de dois componentes foi realizada no software Geneious Prime® (Biomatters), usando o genoma da cepa ATCC13883, como referência.
A busca por determinantes de resistência identificou genes associados à resistência aos betalactâmicos (blashv-81, blatem-1b, blakpc-2, blactx-m-2), aminoglicosídeos (aph(6)-id, aph(4)-ia, aac(6′)-iq, aph(3′')-ib) sulfonamidas (sul1 e sul2), quinolonas (qnrb19), macrolídeos (mph(a) erm(b)) e trimetoprim (dfra15). Diversos desses determinantes estavam sendo carreados por plasmídeos, alguns deles, pertencentes ao grupo de incompatibilidade IncF, com capacidade de mobilização, o que demonstra o potencial de disseminação desse fenótipo. Foram identificadas mutações em genes dos sistemas de dois componentes pmrAB e phoPQ, associadas com a resistência às polimixinas.
O genoma analisado carrega determinantes de resistência de codificação plasmidial e cromossomal, o que reforça o potencial de disseminação da resistência. Estudos como este demonstram que as linhagens de K. pneumoniae são capazes de acumular mecanismos como estratégias adaptativas para sobreviver a pressão de antimicrobianos, o que indica a necessidade de novas estratégias para controle no uso de antibióticos.