基于等质量肽段末端标记策略的质谱鉴定新算法

基于等质量肽段末端标记策略的质谱鉴定新算法

等质量肽段末端标记（Isobaric peptide termini labeling,IPTL）是一种使用轻、重同位素分别对肽段的C端和N端进行等重标记的技术。在对使用这种标记技术得到的数据进行一级谱分析时,由于肽段的质量相同,不会增加样本的复杂性,而在处理二级谱的数据时,可利用成对的b、y离子进行分析。本研究利用IPTL方法得到的实验数据设计了一种新的打分算法：全部离子打分算法（All ions scoring algorithm,AISA）。AISA在对数据进行处理时,可以同时得到定性和定量信息。在Q-Exactive He La和Human-HCC-HL数据集上的蛋白定量覆盖率分别达到...

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Published in:分析化学 Vol. 45; no. 10; pp. 1441 - 1447
Main Author: 郑乃仁 单亦初 邓玉林 张玉奎
Format: Journal Article
Language:Chinese
Published: 北京理工大学生命学院,北京,100081%中国科学院大连化学物理研究所,大连,116011%北京理工大学生命学院,北京100081 2017
中国科学院大连化学物理研究所,大连116011
Subjects:
等重标记
蛋白质组学
蛋白质鉴定
蛋白质组学
Isobaric labeling
等重标记
蛋白质鉴定
Identification of proteins
Proteomics
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Description
Summary:等质量肽段末端标记（Isobaric peptide termini labeling,IPTL）是一种使用轻、重同位素分别对肽段的C端和N端进行等重标记的技术。在对使用这种标记技术得到的数据进行一级谱分析时,由于肽段的质量相同,不会增加样本的复杂性,而在处理二级谱的数据时,可利用成对的b、y离子进行分析。本研究利用IPTL方法得到的实验数据设计了一种新的打分算法：全部离子打分算法（All ions scoring algorithm,AISA）。AISA在对数据进行处理时,可以同时得到定性和定量信息。在Q-Exactive He La和Human-HCC-HL数据集上的蛋白定量覆盖率分别达到99%和100%。在Q-Exactive He La 2D RPLC数据集上,AISA算法鉴定到的PSM、唯一肽段和蛋白质分别比Morpheus高15%、26%和22%。在Human-HCC-HL数据集上,AISA算法鉴定到的PSM、唯一肽段和蛋白质分别比Morpheus高24%、39%和27%。在Q-Exactive He La和Human-HCC-HL数据集上蛋白质定量比值的平均值非常接近1,分别为1.18和0.90;在0.5~2.0区间内的定量比值分别为91%和94%。
Bibliography:Proteomics; Isobaric labeling; Identification of proteins
ZHENG Nai-Ren1 , SHAN Yi-Chu2, DENG Yu-Lin1, ZHANG Yu-Kui1,2 （1School of Life Science, Beijing Institute of Technology, Beijing 100081, China;2 Dalian Institute of Chemical Physics, Chinese Academy of Sciences, Dalian 116011, China）
Isobaric peptide termini labeling（IPTL） is a technology which uses light and heavy isotopes to label C-terminus and N-terminus of peptides.As the masses of labeled peptides are equivalent,the complexity of sample is low when analyzing MS data produced by this technology.Besides,paired b and y ions are helpful while analyzing MS/MS data in this kind of experiments.On the basis of this,a novel scoring algorithm,all ions scoring algorithm（AISA）,has been designed for IPTL experiments.The information of quantification and qualification can be acquired at the same time using AISA.On Q-Exactive HeLa 2D RPLC dataset,peptide spectrum matches（PSMs）,distinct peptides and protein groups identified by AISA are 15%,26% and 22% higher than
ISSN:0253-3820
DOI:10.11895/j.issn.0253-3820.170250