Comparison of similarity coefficients based on RAPD markers in the common bean

• Published in: Genetics and molecular biology Vol. 22; no. 3; pp. 427 - 432
• Main Authors: Duarte, Jair Moura, Santos, João Bosco dos, Melo, Leonardo Cunha
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: Sociedade Brasileira de Genética 01-09-1999
• Subjects: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY; GENETICS & HEREDITY
• ISSN: 1415-4757; 1678-4685; 1415-4757; 1678-4685
• DOI: 10.1590/S1415-47571999000300024

The alterations caused by eight different similarity coefficients were evaluated in the clustering and ordination of 27 common bean (Phaseolus vulgaris L.) cultivars analyzed by RAPD markers. The Anderberg, simple matching, Rogers and Tanimoto, Russel and Rao, Ochiai, Jaccard, Sorensen-Dice, and Ochiai II's coefficients were tested. Comparisons among the coefficients were made through correlation analysis of genetic distances obtained by the complement of these coefficients, dendrogram evaluation (visual inspection and consensus fork index - CIC), projection efficiency in a two-dimensional space, and groups formed by Tocher's optimization procedure. The employment of different similarity coefficients caused few alterations in cultivar classification, since correlations among genetic distances were larger than 0.86. Nevertheless, the different similarity coefficients altered the projection efficiency in a two-dimensional space and formed different numbers of groups by Tocher's optimization procedure. Among these coefficients, Russel and Rao's was the most discordant and the Sorensen-Dice was considered the most adequate due to a higher projection efficiency in a two-dimensional space. Even though few structural changes were suggested in the most different groups, these coefficients altered some relationships between cultivars with high genetic similarity.
Foram avaliadas as alterações provocadas por oito diferentes coeficientes de similaridade no agrupamento de 27 cultivares de feijão analisados por marcadores RAPD. Foram testados os coeficientes de Anderberg, simple matching, Rogers e Tanimoto, Russel e Rao, Ochiai, Jaccard, Sorensen-Dice e Ochiai II, sendo as comparações entre eles realizadas pelas correlações entre as distâncias genéticas obtidas pelo complemento destes coeficientes, e também pela avaliação dos dendrogramas (inspeção visual e índice CIC), eficiência da projeção no espaço bidimensional e grupos formados pelo método de otimização de Tocher. Os resultados evidenciaram que a utilização de diferentes coeficientes de similaridade provocou poucas alterações na classificação dos cultivares em grupos, sendo as correlações obtidas entre as distâncias genéticas maiores que 0,86. Apesar disso, foi observado que diferentes coeficientes alteraram a eficiência da projeção no espaço bidimensional e formaram número diferenciado de grupos pelo método de otimização de Tocher. Dentre estes, o de Russel e Rao apresentou resultados mais discordantes em relação aos demais e o de Sorensen-Dice foi considerado o mais adequado devido a uma maior eficiência de projeção no espaço bidimensional. Mesmo provocando poucas mudanças na estrutura dos grupos mais diferenciados, estes coeficientes alteraram alguns relacionamentos entre cultivares com alta similaridade genética.