Amplified fragment length polymorphism (AFLP) as suitable markers to study Orobanche cumana genetic diversity

• Published in: Journal of phytopathology Vol. 148; no. 7-8; pp. 457 - 459
• Main Authors: Gagne, G, Roeckel-Drevet, P, Grezes-Besset, B, Shindrova, P, Ivanov, P, Grand-Ravel, C, Vear, F, Charmet, G, Nicolas, P
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: Oxford, UK Blackwell Science, Ltd 01-08-2000; Blackwell; Wiley
• Subjects: amplified fragment length polymorphism (AFLP); Biological and medical sciences; estimation; Fundamental and applied biological sciences. Psychology; genetic distance; genetic markers; genetic polymorphism; genetic variation; germplasm; Helianthus annuus; Life Sciences; methodology; Orobanche cernua; Orobanche cumana; Parasitic plants; Parasitic plants. Weeds; Phytopathology and phytopharmacy; Phytopathology. Animal pests. Plant and forest protection; population; random amplified polymorphic DNA (RAPD); random amplified polymorphic DNA technique; sampling variance; Vegetal Biology; Orobanche; Amplified fragment length polymorphism; Genetic marker; Genetic distance; Genetic diversity; Compositae; Oil plant(vegetal); Helianthus annuus; Dicotyledones; Angiospermae; Orobanchaceae; Spermatophyta; Parasitic plant; Polymorphism; RAPD; BIOLOGIE MOLECULAIRE; GENETIQUE VEGETALE
• ISSN: 0031-9481; 0931-1785; 1439-0434
• DOI: 10.1046/j.1439-0434.2000.00528.x

Orobanche cumana Wallr., an obligate root parasite of sunflower can cause severe damage to this crop. The genetic diversity obtained with random amplified polymorphic DNA (RAPD) and amplified fragment length polymorphism (AFLP) on two Orobanche populations were compared. Nei and Li distance matrices obtained with both methods among the two populations were correlated significantly according to Mantel's test and could partition the populations. The sampling variance of genetic distances within and among populations estimated using bootstrap procedure were not significantly different between the two techniques. The principal difference between the two techniques is that AFLP markers gave a higher degree of resolution for discriminating closely related germplasm than RAPD.
Zusammenfassung
Orobranche cumana Wallr. ist ein obligater Wurzelparasit der Sonnenblume und kann bei dieser Nutzpflanze schwere Schäden anrichten. Wir verglichen die mit RAPD und AFLP ermittelte genetische Diversität zweier Orobranche‐Populationen. Mit diesen Verfahren wurden bei beiden Populationen Nei‐und Li‐Abstandsmatrizes erhalten, die nach dem Mantels‐Test signifikant korreliert waren und eine Unterscheidung der Populationen erlaubten. Die mit Hilfe des Bootstrap‐Verfahrens geschätzte stichprobenbedingte Varianz der genetischen Abstände innerhalb der Populationen und zwischen ihnen zeigte keine signifikanten Unterschiede zwischen den beiden Verfahren. Der wichtigste Unterschied zwischen den beiden Techniken bestand darin, dai die AFLP‐Marker im Vergleich zu RAPD eine bessere Auflösung ermöglichten, wodurch eine Unterscheidung nahe verwandten Keimplasmas möglich war.