Genotyping of clinical Rhodotorula mucilaginosa isolates by pulsed field gel electrophoresis

• Published in: Mycoses Vol. 46; no. 11-12; pp. 487 - 491
• Main Authors: Saracli, M. A., Sener, K., Gonlum, A., Yildiran, S. T., Wickes, B. L.
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: Berling, Germany Blackwell Verlag, GmbH 01-12-2003
• Subjects: DNA Fingerprinting - methods; Electrophoresis, Gel, Pulsed-Field; Fungemia - microbiology; Genotype; genotyping; Genotypisierung; Humans; Karyotyping - methods; Male; Molecular Epidemiology - methods; Mycological Typing Techniques - methods; Mycoses - microbiology; Prostate - microbiology; pulsed field gel electrophoresis; Pulsfeld-Gelektrophorese; Random Amplified Polymorphic DNA Technique - methods; Rhodotorula - classification; Rhodotorula - genetics; Rhodotorula - isolation & purification; Rhodotorula mucilaginosa; Turkey; Turkey
• ISSN: 0933-7407; 1439-0507
• DOI: 10.1046/j.0933-7407.2003.00925.x

Summary
Identification and typing of fungal isolates is a prerequisite for control and prevention of nosocomial infections. As the discriminatory power of phenotypic methods is not sufficient for epidemiological purposes, genotyping methods such as DNA fingerprinting, random amplification of polymorphic DNA (RAPD) analysis, or pulsed field gel electrophoresis (PFGE) are preferred. To our knowledge, this study is the first application of PFGE for typing Rhodotorula mucilaginosa strains. The PFGE patterns of six clinical isolates produced two different karyotypes, which were confirmed by RAPD analysis. Five strains isolated from bloodstream infections from three different institutions showed the same karyotype and RAPD patterns, while the urological specimen differed slightly.
Zusammenfassung
Identifizierung und Typisierung von Pilzisolaten sind Voraussetzung für Bekämpfung und Verhinderung nosokomialer Infektionen. Da phänotypische Methoden für epidemiologische Zwecke nicht ausreichend diskriminierend sind, werden Genotypierungsmethoden wie zum Beispiel Plasmid‐Fingerprinting, RAPD und PFGE bevorzugt. Diese Arbeit ist die erstmalige Typisierung von Rhodotorula mucilaginosa mittels PFGE. Das PFGE‐Muster von sechs klinisch isolierten Keimen ergab zwei verschiedene Karyotypen, die auch durch verschiedene RAPD‐Muster bestätigt wurden. Alle fünf Keime, welche aus der Blutbahn isoliert wurden, zeigten das gleiche genotypische Muster, nur wenig abweichend von denen urologischer Herkunft.