Evaluation of a dilution method for non-evaluable results in the detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae with the Cobas 4800 platform

• Published in: Enfermedades infecciosas y microbiologia clinica Vol. 35; no. 6; pp. 364 - 366
• Main Authors: Parra-Sánchez, Manuel, García-Rey, Silvia, Breval, Ismail Zakariya-Yousef, Sierra-Atienza, Celestina, Bernal-Martínez, Samuel, Palomares-Folía, José Carlos
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: Spain Elsevier España, S.L.U 01-06-2017
• Subjects: Bacterial Typing Techniques - instrumentation; Bacterial Typing Techniques - methods; Carrier State - microbiology; Cervix Uteri - microbiology; Chlamydia Infections - microbiology; Chlamydia trachomatis; Chlamydia trachomatis - genetics; Chlamydia trachomatis - isolation & purification; DNA, Bacterial - analysis; DNA, Bacterial - isolation & purification; Exudates and Transudates - microbiology; Female; Gonorrhea - microbiology; Humans; Inhibición; Inhibition; Male; Neisseria gonorrhoeae; Neisseria gonorrhoeae - genetics; Neisseria gonorrhoeae - isolation & purification; Polymerase Chain Reaction; Reacción en cadena de la polimerasa; Real-Time Polymerase Chain Reaction - instrumentation; Real-Time Polymerase Chain Reaction - methods; Rectum - microbiology; Sensitivity and Specificity; Specimen Handling - methods; Urine - microbiology; Chlamydia trachomatis; Neisseria gonorrhoeae; Inhibition; Inhibición; Reacción en cadena de la polimerasa; Polymerase Chain Reaction
• ISSN: 2529-993X; 2529-993X; 1578-1852
• DOI: 10.1016/j.eimce.2017.04.003

A variable percentage of samples analysed using the Cobas 4800 assay can give an invalid result by PCR inhibition or erroneous due to incorrect DNA extraction with the Cobas 4800 CT/NG test.
An analysis was performed using the vortex agitation and dilution protocol on the original sample (swab or urine) for a total of 116 samples. In order to analyse the sensitivity of this method, 100 samples (swabs and urine) with known results were retested.
A total of 98.3% (114/116) of the samples analysed were resolved with this protocol with 100% agreement after reviewing clinical data, Gram stain, and other samples analysed in parallel from the same patient.
The data indicate no loss of sensitivity with this protocol; thus Cobas 4800 users could use this method without the need for alternative methods.
Un porcentaje variable de muestras analizadas por el equipo cobas 4800 pueden dar un resultado invalidado por inhibición de la PCR o erróneo al no extraerse el ADN correctamente con el test cobas 4800 CT/NG.
Valoración de un protocolo de agitación y dilución de la muestra original (exudado u orina) en un total de 116 muestras. Para analizar la sensibilidad de este método, 100 muestras (exudados y orinas) con resultado conocido fueron retestadas.
Un 98,3% (114/116) de las muestras se resolvieron con este protocolo con un 100% de concordancia al consultar con datos clínicos, tinción de Gram y otras muestras analizadas en paralelo del mismo paciente.
Los datos indican que no hay pérdida de sensibilidad con este protocolo, por lo que los usuarios de esta plataforma podrían usarlo sin necesidad de métodos alternativos.