Deteksi dan Identifikasi Nematoda Puru Akar (Meloidogyne spp.) pada Tanaman Bit Menggunakan Metode DNA Barcoding

Identifikasi nematoda berdasarkan karakter morfologi memerluan ketelitian tinggi dan perlu didukung hasil identifikasi secara molekuler. Salah satu metode identifikasi molekuler ialah dengan DNA barcode. DNA barcode merupakan identifikasi molekuler dengan menggunakan gen cytochrome oksidase sub unit...

Full description

Saved in:

Bibliographic Details
Published in:	Jurnal Fitopatologi Vol. 16; no. 1; pp. 1 - 8
Main Authors:	Pratiwi, Ni Wayan Kartika, Amrulloh, Rosyid, Auly, Fawwaz El, Kurniawati, Fitrianingrum
Format:	Journal Article
Language:	English Indonesian
Published:	Perhimpunan Fitopatologi Indonesia 31-01-2020
Subjects:	CO1 gene DNA amplification homology phylogenetics sequencing
Online Access:	Get full text
Tags:	Add Tag No Tags, Be the first to tag this record!

Description
Summary:	Identifikasi nematoda berdasarkan karakter morfologi memerluan ketelitian tinggi dan perlu didukung hasil identifikasi secara molekuler. Salah satu metode identifikasi molekuler ialah dengan DNA barcode. DNA barcode merupakan identifikasi molekuler dengan menggunakan gen cytochrome oksidase sub unit 1 (CO1). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi NPA yang berasosiasi pada tanaman bit berdasarkan PCR dan perunutan nukleotida gen CO1 Meloidogyne. Sampel umbi bit diperoleh dari lahan pertanian yang terletak di Kecamatan Cipanas, Kabupaten Cianjur, Jawa Barat. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purposive sampling. Identifikasi morfologi dengan mengamati pola perineal NPA betina. Identifikasi molekuler meliputi ekstraksi, amplifikasi, visualisasi DNA, analisis peruntutan nukleotida dan filogenetika. Hasil pengamatan pola perineal secara morfologi didapatkan spesies M. incognita dan M. arenaria. Amplifikasi DNA yang dilakukan menggunakan primer spesifik CO1SIF (5’-GCCTGCATTTGGTTAG-‘3) dan CO1SIR (5’-TCAAACCAGTCCT-‘3), CO1SAF (5’-GGGTACTGGATGAACATTA-‘3) dan CO1SAR (5’-ACTTCAGGATGACCAAA-‘3)berhasil mendapatkan pita DNA berukuran ± 360 untuk M. arenaria dan ± 326 untuk M. incognita. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa isolat M. incognita asal Indonesia berkerabat dekat dengan isolat M. incognita asal Cina, Amerika Serikat, Vietnam, dan Inggris dengan tingkat homologi 100%. Hasil analisis filogenetika menunjukkan bahwa M. incognita Indonesia masih satu kelompok dengan M. incognita asal Cina, Amerika Serikat, Vietnam dan Inggris. Adapun isolat M. arenaria berkerabat dekat dengan isolat M. arenaria asal Argentina dan Amerika Serikat dengan tingkat homologi 100%. Hasil analisis filogenetika menunjukkan bahwa M. arenaria asal Indonesia masih satu kelompok dengan M. arenaria asal Argentina dan Amerika Serikat.
ISSN:	0215-7950 2339-2479
DOI:	10.14692/jfi.16.1.1-8