SARS-CoV-2 genetic variation and bacterial communities of naso-oropharyngeal samples in middle-aged and elderly COVID-19 patients in West Java, Indonesia

تعكس عدد حالات كورونا في إندونيسيا خطورة الأمراض وانتشارها بسرعة. تم إجراء الرصد الجينومي لفيروس كورونا المستجد والتحقيق في المجتمعات البكتيرية للجهاز التنفسي العلوي في غرب جاوة كرد فعل للتهديد المتزايد حيث يمكن أن يؤثر تفاوت التوازن في الميكروبات في الجهاز التنفسي العلوي بشكل سلبي على حالة المرضى....

Full description

Saved in:

Bibliographic Details
Published in:	Journal of Taibah University Medical Sciences Vol. 19; no. 1; pp. 70 - 81
Main Authors:	Adzdzakiy, Muhammad M., Sutarno, Sutarno, Asyifa, Isnaini Z., Sativa, Alvira R., Fiqri, Ahmad R.A., Fibriani, Azzania, Ristandi, Ryan B., Ningrum, Ratih A., Iryanto, Syam B., Prasetyoputri, Anggia, Dharmayanthi, Anik B., Saputra, Sugiyono
Format:	Journal Article
Language:	English
Published:	Elsevier Ltd 01-02-2024 Taibah University Elsevier
Subjects:	16S rRNA sequencing Bacterial community COVID-19 rapid spread Original Oxford Nanopore Technologies SARS-CoV-2 variants المجتمع البكتيري انتشار كورونا بسرعة تسلسل الريبوسوم 16 تكنولوجيا أكسفورد نانوبور متغيرات فيروس كورونا المستجد المجتمع البكتيري تكنولوجيا أكسفورد نانوبور COVID-19 rapid spread 16S rRNA sequencing SARS-CoV-2 variants انتشار كورونا بسرعة متغيرات فيروس كورونا المستجد Oxford Nanopore Technologies تسلسل الريبوسوم 16 Bacterial community
Online Access:	Get full text
Tags:	Add Tag No Tags, Be the first to tag this record!

Description
Summary:	تعكس عدد حالات كورونا في إندونيسيا خطورة الأمراض وانتشارها بسرعة. تم إجراء الرصد الجينومي لفيروس كورونا المستجد والتحقيق في المجتمعات البكتيرية للجهاز التنفسي العلوي في غرب جاوة كرد فعل للتهديد المتزايد حيث يمكن أن يؤثر تفاوت التوازن في الميكروبات في الجهاز التنفسي العلوي بشكل سلبي على حالة المرضى. استخدمنا منصة تسلسل النانوبور لتحليل 43 عينة من التغيرات الجينية لفيروس كورونا المستجد و11 عينة مختارة لتسلسل الجينات عبر الريبوزوم 16، تم جمعهم في الفترة من مايو إلى أغسطس 2021. خمسة أنواع فيروسية في السكان (أ.ي.23؛ أ.ي.24؛ أ.ي.26؛ أ.ي.42؛ ب.1.1.7) كانت تهيمن على وجود النوع أ.ي.23 (<82%). الجزء الأكثر تحورا في الجينوم الخاص بفيروس كورونا المستجد كان بروتين ال (أس) (<20%). لم يكن هناك ارتباط بين الأنواع الفيروسية لفيروس كورونا المستجد، وتكرار التحور، وملف المريض، وحالات انتشار كورونا بسرعة. لم يكن هناك ارتباط للوفرة النسبية للبكتيريا، والتنوع الألفا والبيتا، وتحليل الفروق في التوازن البيئي البكتيري مع ملف المريض وحالات الانتشار السريع. يظهر تحليل تسلسل الميتاجينوم ثمانية أنواع ذات وفرة متفاوتة في ملفات المرضى الفردية، بما في ذلك البكتيريا الزرقاء الزائفة والبكتيريا الهيموفيلوس بارا إنفلونزا. وفقا للبيانات، يظهر غرب جاوة سيادة ذات صلة بنوع أ.ي.23 (المتحور دلتا) مصحوب بالعدوى العالمية خلال تلك الفترة الزمنية، مما يدعم أهمية برنامج الرصد في تعقب تقدم المرض. قد يساهم العملية المتعددة العوامل في تقدم المرض الذي تسببت فيه البكتيريا في كل مريض، كما هو مبين في النتائج المتنوعة للمجتمعات البكتيرية. The number of COVID-19 cases in Indonesia reflects the disease severity and rapid dissemination. In response to the mounting threat, SARS-CoV-2 genomic surveillance and the investigation of naso-oropharyngeal bacterial communities in West Java were conducted, as dysbiosis of the upper respiratory tract microbiota might adversely affect the clinical condition of patients. We utilized the Oxford Nanopore sequencing platform to analyze genetic variation of 43 samples of SARS-CoV-2 and 11 selected samples for 16S rRNA gene sequencing, using samples collected from May to August 2021. The prevalence of AY.23 (>82%) predominated among five virus lineages in the populations (AY.23, AY.24, AY.26, AY.42, B.1.1.7). The region in the SARS-CoV-2 genome found to have the highest number of mutations was the spike (S) protein (>20%). There was no association between SARS-CoV-2 lineages, mutation frequency, patient profile, and COVID-19 rapid spread-categorized cases. There was no association of bacterial relative abundance, alpha-beta diversity, and linear discriminant analysis effect size analysis with patient profile and rapid spread cases. MetagenomeSeq analysis showed eight differential abundance species in individual patient profiles, including Pseudomonas aeruginosa and Haemophilus parainfluenzae. The data demonstrated relevant AY.23 dominance (the Delta variant) in West Java during that period supporting the importance of surveillance program in monitoring disease progression. The inconsistent results of the bacterial communities suggest that a complex multifactor process may contribute to the progression of bacterial-induced disease in each patient.
Bibliography:	ObjectType-Article-1 SourceType-Scholarly Journals-1 ObjectType-Feature-2 content type line 23
ISSN:	1658-3612 1658-3612
DOI:	10.1016/j.jtumed.2023.09.001