唾液菌群的直接PCR扩增-高分辨率熔解曲线分析及其法医学应用

唾液菌群的直接PCR扩增-高分辨率熔解曲线分析及其法医学应用

DF795.2; 目的 建立一种基于直接PCR(direct PCR,dPCR)扩增和高分辨率熔解(high resolution melting,HRM)曲线分析的唾液菌群快速检测技术,评估其法医学应用价值.方法 离心收集唾液中的细菌后重悬于Tris-EDTA(TE)缓冲液,直接作为模板用于16S rDNA V4区的扩增和HRM曲线分析,即dPCR-HRM,计算样本HRM图谱相对于参考图谱的判型置信度(genotype confidence percentage,GCP).以传统的试剂盒(kit)提取模板DNA后再行PCR-HRM(即kPCR-HRM)为参考,验证dPCR-HRM的可行性.用...

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Published in:法医学杂志 no. 6; pp. 709 - 718
Main Authors: 杨瑞, 陈炯, 赵贵森
Format: Journal Article
Language:Chinese
Published: 河南科技大学法医学院,河南 洛阳 471023 28-12-2022
Subjects:
菌群结构
高分辨率熔解
法医遗传学
聚合酶链反应
唾液
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Description
Summary:DF795.2; 目的 建立一种基于直接PCR(direct PCR,dPCR)扩增和高分辨率熔解(high resolution melting,HRM)曲线分析的唾液菌群快速检测技术,评估其法医学应用价值.方法 离心收集唾液中的细菌后重悬于Tris-EDTA(TE)缓冲液,直接作为模板用于16S rDNA V4区的扩增和HRM曲线分析,即dPCR-HRM,计算样本HRM图谱相对于参考图谱的判型置信度(genotype confidence percentage,GCP).以传统的试剂盒(kit)提取模板DNA后再行PCR-HRM(即kPCR-HRM)为参考,验证dPCR-HRM的可行性.用dPCR-HRM法分析梯度稀释模板、群体样本和模拟唾液斑样本,评估其灵敏度、分型能力和检材适应性.结果 dPCR-HRM法可在90 min内得到唾液菌群的HRM图谱,与kPCR-HRM法之间的GCP>95.85％.应用dPCR-HRM法,一般个体0.29 nL的唾液即可测得菌群HRM型.61例唾液样本可分为10种型,8 h之内的唾液斑与新鲜唾液分型相同(GCP>90.83％).结论 dPCR-HRM技术可用于唾液菌群的快速分型,且具有成本低、操作简单等优点.
ISSN:1004-5619
DOI:10.12116/j.issn.1004-5619.2021.511006