茜草叶绿体全基因组序列及其系统发育分析

Q943%R932; 以茜草科(Rubiaceae)植物茜草(Rubia cordifolia L.)为研究对象,采用Illumination高通量测序技术对其叶绿体全基因组进行测序,并运用MAGA11等生信学工具进行全基因组解析及系统发育分析.结果表明,(1)茜草叶绿体基因组呈典型的四分环状结构,总GC含量37.2％,长153 959 bp,其中包含大单拷贝(LSC)区83 844 bp、小单拷贝(SSC)区17 083 bp和2个反向重复(IR)区26 516 bp;共注释得到124个基因,包括79个蛋白质编码基因、37个tRNA和8个rRNA.(2)序列共鉴定到169个SSR位点,以A、...

Full description

Saved in:

Bibliographic Details
Published in:	西北植物学报 Vol. 43; no. 11; pp. 1855 - 1865
Main Authors:	陈晓颖, 胡本祥, 史嘉周, 杨冰月, 张岗, 彭亮
Format:	Journal Article
Language:	Chinese
Published:	陕西国际商贸学院,西安 712046 2023 陕西中医药大学药学院,陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心,"秦药"研发重点实验室,西安 712046%陕西中医药大学药学院,陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心,"秦药"研发重点实验室,西安 712046
Subjects:	系统发育叶绿体基因组 Rubioideae 茜草科序列分析 Rubia cordifolia L phylogeny sequence analysis 茜草 chloroplast genome
Online Access:	Get full text
Tags:	Add Tag No Tags, Be the first to tag this record!

Description
Summary:	Q943%R932; 以茜草科(Rubiaceae)植物茜草(Rubia cordifolia L.)为研究对象,采用Illumination高通量测序技术对其叶绿体全基因组进行测序,并运用MAGA11等生信学工具进行全基因组解析及系统发育分析.结果表明,(1)茜草叶绿体基因组呈典型的四分环状结构,总GC含量37.2％,长153 959 bp,其中包含大单拷贝(LSC)区83 844 bp、小单拷贝(SSC)区17 083 bp和2个反向重复(IR)区26 516 bp;共注释得到124个基因,包括79个蛋白质编码基因、37个tRNA和8个rRNA.(2)序列共鉴定到169个SSR位点,以A、T组成为主,包括129个单核苷酸、18个双核苷酸、11个三核苷酸、9个四核苷酸和2个五核苷酸,六核苷酸SSR未检测到;边界分析显示,茜草叶绿体基因组LSC区差异性最大,变异程度最高,而IRa区则差异性最小,最为保守.(3)最大似然法(ML)构建系统发育树显示,样品茜草与同属植物Rubia horrida以100％支持率聚为一类,茜草亚科、仙丹花亚科与金鸡纳亚科聚为姐妹类群,证明茜草科植物在进化过程中保守发育.
ISSN:	1000-4025
DOI:	10.7606/j.issn.1000-4025.2023.11.1855